O Protuba é resultado de pesquisas desencadeadas pelo aumento dos ataques: três em 1992, seguidos de outros três no ano seguinte. Em 1994 foram dez, o que levou à convocação de um workshop com especialistas de várias partes do mundo e foi iniciada a pesquisa científica, financiada pela Fundação de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco (Facepe) e pelo governo estadual.

O estudo identificou os hábitos dos tubarões e, principalmente, os motivos de alguns se aproximarem perigosamente das praias do Recife. Uma das principais conclusões foi de que a construção do Porto de Suape teve um enorme impacto no ecossistema. A obra, inaugurada em 1984, devastou estuários usados como área de parto por fêmeas de tubarão. Os cientistas acreditam que elas se deslocaram então para o estuário do Rio Jaboatão, que desemboca nas praias do Recife. Ficaram, portanto, muito mais próximas de banhistas e surfistas.

O Rio Jaboatão também era atrativo por causa de sangue e vísceras lançados diariamente por um matadouro, que foi desativado e transformado em um centro cultural.