Para conhecer a fundo a biodiversidade em território nacional, o governo brasileiro usa instrumentos cada vez mais precisos, seguindo diretrizes ambientais. Entres os instrumentos de avaliação mais importantes da atual situação da fauna e da flora estão o Primeiro Inventário Nacional de Espécies Exóticas Invasoras, a Base de Dados Nacional de Unidades de Conservação, a atualização periódica das Listas Nacionais de Espécies Ameaçadas da Fauna e da Flora; os Indicadores Nacionais de Sustentabilidade; os Relatórios Nacionais de Recursos Hídricos e os relatórios nacionais sobre as Metas de Desenvolvimento do Milênio e sobre a Iniciativa Latino-Americana e Caribenha de Desenvolvimento Sustentável (ILAC).

A elaboração de Planos de Ação nacionais para espécies ameaçadas complementa a estratégia de conservação da biodiversidade. Os instrumentos mais importantes para a gestão das espécies ameaçadas são elaborados a partir de parâmetros internacionais e sempre com a participação de universidades e organizações não-governamentais. Atualmente, o Ministério do Meio Ambiente coordena o processo para consolidar uma única lista de indicadores ambientais padronizados, que deverão ser utilizados de maneira uniforme por todas as instituições e para todos os relatórios.

Recursos pesqueiros

Em 2009, o governo estabeleceu instrumentos de ordenamento da gestão da biodiversidade aquática e marinha com o objetivo de garantir o uso sustentável dos recursos pesqueiros. Nesse caso, o levantamento das espécies ameaçadas por meio da elaboração de listas por especialistas de renomados centros de pesquisa também ajudaram a definir as políticas para o setor.
Foi possível também criar um sistema de gestão compartilhada dos recursos pesqueiros, em que o poder e a responsabilidade são divididos entre o Estado e a sociedade. Experiências em andamento na Reserva Extrativista Alto Juruá, no Acre e na Reserva de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá, no Amazonas, são exemplos de sucesso. Nesses locais, espécies de animais não correm mais riscos de extinção, ao mesmo tempo em que geram renda e alimentos para as famílias.

Planejado o desenvolvimento sustentável

Uma das ferramentas que o Brasil utiliza para planejar a gestão integrada das áreas verdes é o Zoneamento Ecológico-Econômico (ZEE). O instrumento, que faz parte da Política Nacional de Meio Ambiente, dá ao governo bases técnicas para definir os diversos usos do território na busca de promover o desenvolvimento sustentável e ordenado, combinando crescimento econômico com equilíbrio ambiental. O ZEE orienta os planos de ordenamento territorial que definem, por exemplo, qual atividade pode ser desenvolvida em determinadas áreas. O sistema se sobrepõe a outras formas de zoneamento também adotadas pelo governo para a gestão da paisagem, como o Zoneamento Agroecológico, responsável pela delimitação das lavouras de cana-de-açúcar, evitando sua expansão para a Amazônia, o Pantanal e áreas com vegetação nativa.
Em 2010, o Conselho Nacional Coordenador do ZEE aprovou o Macrozoneamento Econômico-Ecológico da Amazônia, um conjunto de estratégias para a promoção do desenvolvimento regional e conservação ambiental.

Também faz parte da política para o setor a criação de corredores ecológicos – faixas de vegetação que ligam fragmentos florestais ou áreas protegidas  separados por estradas, lavouras, clareiras abertas pela atividade madeireira, proporcionando à fauna o livre trânsito entre as áreas florestadas,  permitindo a troca genética entre as espécies.

O Projeto Corredores Ecológicos, desenvolvido pelo governo, comprovou a viabilidade desta abordagem para a gestão territorial. Dois projetos-piloto devem ser concluídos em 2011. São eles o Corredor Central da Mata Atlântica, com 21 milhões de hectares, incluindo 8 milhões de hectares de área marinha e o Corredor Central da Amazônia, com 52 milhões de hectares na região mais bem preservada de toda a Amazônia.

Alem disso, o País também conta com comitês voltados para a gestão das bacias hidrográficas brasileiras, reunindo representantes do governo, universidades, ribeirinhos e iniciativa privada. As bacias são o eixo de uma das mais eficazes políticas de gestão de paisagens no Brasil. Os 159 comitês organizados pelo governo funcionam de modo participativo. Eles têm importante papel na implantação de mecanismos de pagamento pelo uso da água em que os recursos retornam para os projetos aprovados pelos comitês.